Το Τμήμα Μοριακής Βιολογίας & Γενετικής ιδρύθηκε το 1999 (ΦΕΚ 179, 6/9/1999), έχει την έδρα του στην Πανεπιστημιούπολη της Αλεξανδρούπολης και, μαζί με το Τμήμα Ιατρικής, συγκροτούν την Σχολή Επιστημών Υγείας του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης. Είναι το μόνο Τμήμα στην Ελλάδα με αντικείμενο τη Μοριακή Βιολογία και Γενετική και αποτελεί ένα εκ των 5 Τμημάτων του ΔΠΘ που αναπτύχθηκαν στο πλαίσιο του Προγράμματος Διεύρυνσης της Tριτοβάθμιας Eκπαίδευσης «Εκπαίδευση και Αρχική Επαγγελματική Κατάρτιση» (Ε.Π.Ε.Α.Ε.Κ.) με κονδύλια τα οποία προέρχονταν από την Ευρωπαϊκή Ένωση και το Ελληνικό Δημόσιο. Αρχικά το Τμήμα φιλοξενήθηκε στους χώρους του Περιφερειακού Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου της Αλεξανδρούπολης (2000-2003) και στη συνέχεια (2003-2008) σε ένα από τα κτίρια του Παλαιού Νοσοκομείου της Αλεξανδρούπολης στο κέντρο της πόλης. Από το 2008 το Τμήμα ΜΒΓ στεγάζεται στο Κτίριο Φώτης Καφάτος (επιφανείας περίπου 3500 τμ) στην Πανεπιστημιούπολη της Αλεξανδρούπολης στη περιοχή Δραγάνα.

Τα πρώτα μέλη ΔΕΠ διορίστηκαν το 2003 και χρειάστηκε περίπου μία πενταετία για να αποκτήσει το Τμήμα κρίσιμη μάζα διδασκόντων (10 μέλη ΔΕΠ). Κατά την περίοδο αυτή σταδιακά αυξήθηκε ο αριθμός των μελών ΔΕΠ, οργανώθηκε το πρόγραμμα σπουδών του και δημιουργήθηκε ο βασικός πυρήνας των εργαστηριακών του υποδομών. Η μετακόμιση στο νεόδμητο κτίρια το 2008 σε συνδυασμό με την αυξανόμενη ανταγωνιστική χρηματοδότηση από ερευνητικά προγράμματα των μελών ΔΕΠ, οδήγησαν στην ανάπτυξη βασικών αλλά και προηγμένων εκπαιδευτικών και ερευνητικών υποδομών και βοήθησε τόσο στη χάραξη των ερευνητικών δραστηριοτήτων του Τμήματος όσο και στη διατήρηση και περαιτέρω ανάπτυξη σημαντικών συνεργασιών με ερευνητικά εργαστήρια, ακαδημαϊκά ιδρύματα αλλά και τη βιομηχανία.

Το Τμήμα ΜΒΓ έγινε αυτοδύναμο το 2012 και σήμερα αριθμεί 24 μέλη ΔΕΠ. Όλα τα μέλη ΔΕΠ έχουν εκπαιδευτεί και εργαστεί στην Ελλάδα και στο εξωτερικό και έχουν ως στόχο τους την ανάδειξη του Τμήματος ΜΒΓ σε έναν κόμβο αριστείας στην εκπαίδευση και στην έρευνα.

Το Τμήμα ΜΒΓ δέχτηκε τους πρώτους προπτυχιακούς φοιτητές το 2000. Στο Τμήμα ΜΒΓ φοιτούν σήμερα περίπου 700 Προπτυχιακοί φοιτητές, 93 Μεταπτυχιακοί φοιτητές καθώς και 40 Υποψήφιοι Διδάκτορες, ενώ έχουν ήδη απονεμηθεί 1079 πτυχία σε Μοριακούς Βιολόγους - Γενετιστές, 64 Μεταπτυχιακά Διπλώματα Σπουδών και 39 Διδακτορικά Διπλώματα.