Εργαστήριο Γονιδιωματικής Ποικιλότητας και Γενετικής Επιδημιολογίας

Σύντομη περιγραφή

Το Εργαστήριο Γονιδιωματικής Ποικιλότητας και Γενετικής Επιδημιολογίας ιδρύθηκε με το ΦΕΚ 1532 τ. Β’/21-07-2015. Το Εργαστήριο συστεγάζεται και συνεργάζεται στενά με το Εργαστήριο Γενετικής Πληθυσμών και Εξέλιξης, το οποίο ιδρύθηκε με το ΦΕΚ 278 τ. Α’/19-11-2002. Σο Εργαστήριο μελετώνται βιολογικοί μηχανισμοί σε γενετικό και μοριακό επίπεδο σε δύο κύριους άξονες: τη βιοϊατρική έρευνα, με έμφαση σε σπάνιες και συχνές ανθρώπινες ασθένειες, και τη μελέτη της βιοποικιλότητας, μέσω χρήσης εργαλείων βιοπληροφορικής για την ανάλυση δεδομένων γενετικής ποικιλότητας σε επίπεδο οργανισμών και πληθυσμών (πληθυσμιακή γενετική). Στο πεδίο της βιοϊατρικής έρευνας, τα μέλη του Εργαστηρίου ασχολούνται με τη μελέτη και κατανόηση σε γενετικό και μοριακό επίπεδο μηχανισμών που οδηγούν στην εμφάνιση παθολογικών καταστάσεων στον άνθρωπο (ταυτοποίηση και διερεύνηση γενετικών παραλλαγών, μελέτη παραλλαγών άγνωστης/αβέβαιης κλινικής σημασίας, μελέτες έκφρασης γονιδίων που φέρουν παθογόνες/πιθανώς παθογόνες παραλλαγές), είτε σε σπάνιες κληρονομικές διαταραχές είτε σε πολυπαραγοντικά νοσήματα με γενετική βάση, τόσο με χρήση κλασικών όσο και προηγμένων τεχνολογιών ανάλυσης για την ανίχνευση γενετικών και μοριακών δεικτών. Ως αποτέλεσμα των μακροχρόνιων διεθνών συνεργασιών και χρηματοδοτήσεων παλαιότερων και νέων μελών του, το Εργαστήριο συντηρεί βιοτράπεζα δειγμάτων βιολογικού και γενετικού υλικού από παιδιατρικούς ασθενείς με σπάνιο νευροαναπτυξιακό φαινότυπο, καθώς και ασθενείς με σπάνια και κοινά πολυπαραγοντικά νοσήματα. Βασικό στοιχείο της προόδου της δουλειάς που επιτελείται στο Εργαστήριο είναι η συνεργασία με κλινικούς επιστήμονες από το χώρο της υγείας. Στο πεδίο της βιοποικιλότητας, τα μέλη του Εργαστηρίου ασχολούνται με θέματα πληθυσμιακής και εξελικτικής γενετικής, την ανάπτυξη μοριακών, στατιστικών και βιοπληροφορικών εργαλείων για την έρευνα της γενετικής ποικιλομορφίας και τους μηχανισμούς προσαρμογής φυτικών ειδών σε επίπεδο γονιδιωμάτων. Επιπλέον, μέσω συνεργασιών και χρηματοδοτήσεων, έχει δημιουργηθεί τράπεζα δειγμάτων βιολογικού και γενετικού υλικού ενδημικών φυτικών ειδών της Βορείου Ελλάδας. Το Εργαστήριο υποστηρίζει τις εκπαιδευτικές ανάγκες σημαντικού αριθμού συναφών προπτυχιακών μαθημάτων, όπως «Εξελικτική Βιολογία», «Πληθυσμιακή και Εξελικτική Γενετική», «Γενετική Ι», «Εργαστηριακό Μάθημα VII: Εφαρμογές της Γενετικής», «Βιοστατιστική», «Μοριακή Βιολογία και Γενετική Φυτών», και άλλα, ενώ αποτελεί φορέα εκπόνησης ερευνητικών προγραμμάτων στο πεδίο της Γενετικής Πληθυσμών και της Γενετικής Επιδημιολογίας. Μέλη του Εργαστηρίου συντονίζουν το ΠΜΣ «Εφαρμοσμένη Βιοπληροφορική – Ανάλυση Βιολογικών Δεδομένων» και διδάσκουν σε πλήθος μαθημάτων αυτού και άλλων ΠΜΣ του Τμήματος.

Ερευνητικά Ενδιαφέροντα

Μελέτη της γενετικής ποικιλότητας οργανισμών και πληθυσμών, π.χ. μελέτες γενετικής συσχέτισης σε επίπεδο ολικού γονιδιώματος (GWAS), εξελικτική γενετική
Μελέτη της γενετικής και μοριακής βάσης νοσημάτων του ανθρώπου (σπάνια κληρονομικά νοσήματα και πολυπαραγοντικές ασθένειες)
Βιοπληροφορική επεξεργασία και ανάλυση δεδομένων σε γονιδιωματική και μεταγραφωμική κλίμακα
Γονιδιωματική της βιοποικιλότητας (εργαλεία έρευνας της γενετικής ποικιλομορφίας)
Πληθυσμιακή και εξελικτική γενετική φυτικών ειδών (πρότυπα γενετικής ποικιλότητας σε πληθυσμούς άγριων φυτών στον χώρο και στον χρόνο)

Καινοτόμες Υπηρεσίες

Ερευνητικά Προγράμματα

2025 – : Odyssey: Connecting molecular and geographical biodiversity data: ELIXIR Commissioned Services Project: 2024-SCIENCE-BFSP
2023 – 2025: «ΒΕΛΤΙΩΣΗ ΤΗΣ ΚΑΤΑΣΤΑΣΗΣ ΔΙΑΤΗΡΗΣΗΣ ΤΟΥ PINUS HELDREICHII ΣΕ ΕΘΝΙΚΟ ΕΠΙΠΕΔΟ ΜΕΣΩ ΠΑΡΑΔΟΣΙΑΚΩΝ (ΠΟΛΛΑΠΛΑΣΙΑΣΜΟ) ΚΑΙ ΚΑΙΝΟΤΟΜΩΝ ΜΕΘΟΔΩΝ (GENOTYPING)», Υπουργείο Περιβάλλοντος & Ενέργειας – Πράσινο Ταμείo
2023 – 2025: “ECOeDNA – ΕΦΑΡΜΟΓΗ ΤΗΣ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ eDNA ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΑΡΑΚΟΛΟΥΘΗΣΗ ΤΩΝ ΙΧΘΥΟΑΠΟΘΕΜΑΤΩΝ ΚΑΙ ΤΩΝ ΓΕΝΕΤΙΚΩΝ ΠΟΡΩΝ ΤΟΥ ΥΔΑΤΙΝΟΥ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΟΣ ΤΟΥ ΘΡΑΚΙΚΟΥ ΠΕΛΑΓΟΥΣ ΩΣ ΕΡΓΑΛΕΙΟ ΑΕΙΦΟΡΙΚΗΣ ΔΙΑΧΕΙΡΙΣΗΣ”, Υπουργείο Περιβάλλοντος & Ενέργειας – Πράσινο Ταμείο
2017 – : ELIXIR-GR: H Ελληνική Ερευνητική Υποδομή για Διαχείριση και Ανάλυση Δεδομένων στις Βιοεπιστήμες (ESFRI European Research Infrastructures, HORIZON 2020)

Δημοσιεύσεις

Konstantinidou G.P., Giannakopoulos N.E., Pariotis I., ……, Tsifintaris M., Georgitsi M., Galatsidas S., & Papageorgiou A.C. (2025) Genetic diversity and population structure of black pine (Pinus nigra Arn.) in Mt. Athos, northern Greece, Forests16(9), 1399.
Tsiripidis, I., Stamellou, S., Papageorgiou, A. C., & Drouzas, A. D. (2024). Ecological and Biogeographical Imprints in a Beech Glacial Refugium. Diversity, 16(3), 152.
Budde, K. B., Hötzel, S., Müller, M., Samsonidze, N., Papageorgiou, A. C., & Gailing, O. (2023). Bidirectional gene flow between Fagus sylvatica L. and F. orientalis Lipsky despite strong genetic divergence. Forest Ecology and Management, 537, 120947.
Waterhouse, R. M., Adam-Blondon, A. F., Balech, B., Barta, E., Chua, P. Y. S., Di Cola, V., … & Gabaldón, T. (2023). The ELIXIR Biodiversity Community: Understanding short-and long-term changes in biodiversity. F1000Research, 12.
Siskas, E., Bella, E., Papageorgiou, A. C., Kappas, I., Tsiripidis, I., & Drouzas, A. D. (2023). DNA-based identification of Abies cephalonica, A. alba and their hybrid (A.× borisii-regis) at the individual-level. Plant Biosystems-An International Journal Dealing with all Aspects of Plant Biology, 157(1), 24-37.
Tegopoulos, K., Fountas, D. V., Andronidou, E. M., Bagos, P. G., Kolovos, P., Skavdis, G., … & Grigoriou, M. E. (2023). Assessing Genetic Diversity and Population Differentiation in Wild Hop (Humulus lupulus) from the Region of Central Greece via SNP-NGS Genotyping. Diversity, 15(12), 1171.
Cardoni, S., Piredda, R., Denk, T., Grimm, G. W., Papageorgiou, A. C., Schulze, E. D., … & Cosimo Simeone, M. (2022). 5S‐IGS rDNA in wind‐pollinated trees (Fagus L.) encapsulates 55 million years of reticulate evolution and hybrid origins of modern species. The Plant Journal, 109(4), 909-926.
Varsamis, G., Adamidis, G. C., Merou, T., Takos, I., Tseniklidou, K., Dimitrakopoulos, P. G., & Papageorgiou, A. C. (2022). Changes in Watering Frequency Stimulate Differentiated Adaptive Responses among Seedlings of Different Beech Populations. Biology, 11(2), 306.
Tsipidou, O., Leinemann, L., Korakis, G., Finkeldey, R., Gailing, O., & Papageorgiou, A. C. (2021). Fine-Scale Spatial Patterns of the Genetic Diversity of European Beech (Fagus sylvatica L.) around a Mountainous Glacial Refugium in the SW Balkans. Forests, 12(6), 725.