Tο Τμήμα ΜΒΓ στεγάζεται στο κτίριο Φώτης Καφάτος, στην Πανεπιστημιούπολη στη περιοχή Δραγάνα, δίπλα από το Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο και στην Ιατρική Σχολή με την οποία συγκροτούν τη Σχολή Επιστημών Υγείας. Το Τμήμα διαθέτει δύο αίθουσες διδασκαλίας, δύο αίθουσες εργαστηριακών ασκήσεων και μία αίθουσα υπολογιστών, ενώ η βιβλιοθήκη και το κυλικείο της Σχολής Επιστημών Υγείας βρίσκονται σε παρακείμενα κτίρια. Όλες οι αίθουσες είναι κατάλληλα εξοπλισμένες με ηλεκτρονικούς υπολογιστές με πρόσβαση στο διαδίκτυο και ψηφιακούς προβολείς.

Από το εαρινό εξάμηνο του ακαδημαϊκού έτους 2015-2016 τα μαθήματα των φοιτητών του Α’ και Β’ έτους πραγματοποιούνται στο αμφιθέατρο του Παλαιού Νοσοκομείου Αλεξανδρούπολης στην οδό Δήμητρας, καθώς ο αριθμός των εισακτέων του Τμήματος Μοριακής Βιολογίας και Γενετικής έχει αυξηθεί από το Υπουργείο Παιδείας από 100 σε 150 και στο κτίριο του Τμήματος ΜΒΓ στην Πανεπιστημιούπολη δεν υπάρχει αίθουσα για τόσο μεγάλο αριθμό φοιτητών.

Οι ερευνητικοί χώροι του Τμήματος περιλαμβάνουν δώδεκα ερευνητικά εργαστήρια, εργαστήρια κυτταροκαλλιεργειών, εργαστήρια μικροσκοπίας, σκοτεινούς θαλάμους κ.α. (βλ. ερευνητικές υποδομές).